Першопринципні розрахунки фізичних властивостей біоінформаційної молекули тиміну
DOI:
https://doi.org/10.24144/2415-8038.2015.38.18-22Ключові слова:
ab initio, тимін, рівноважна геометрія, електронна густина, ІЧ та КРС спектриАнотація
Метод Хартрі-Фока і теорія функціоналу густини з базисним набором 6-311++G(d,p) використовувались для розрахунків рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливних спектрів молекули тиміну. На основі аналізу результатів моделювання показано, що досліджувана молекула є стабільна в умовах структурної оптимізації. Проведено розрахунки повних та парціальних густин електронних станів для молекули тиміну. Розраховані ІЧ і КРС частоти та інтенсивності спектральних коливальних ліній добре узгоджуються із наявними експериментальними даними.
Посилання
Анатольевич A.A. Развитие квантово-механического метода расчета спектров резонансного комбинационного и гиперкомбинационного рассеяния и двухфотонного поглощения многоатомных молекул //дисс... д.ф-м.н. 2011.
Суханов О. С. Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну. Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, дис. канд. хім. наук, 2008.
Schmidt M.W. General atomic and molecular electronic structure system / M.W. Schmidt, K.K. Baldridge, J.A. Boatz [et al.] // J. Comput. Chem. – 1993. – Vol. 14. – P. 1347 - 1363.
Zhurko G.A.. Chemcraft. http://www.chemcraftprog.com.
Clowney L., Jain S.C., Srinivasan A.R., Westbrook J., Olson W. K., Berman H.M. Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases // J. Am. Chem. Soc. -1996. – Vol. 118. - Р. 509–518.
Raji Heyrovska Structures of the Molecular Components in DNA and RNA with Bond Lengths Interpreted as Sums of Atomic Covalent Radii // The Open Structural Biology Journal. – 2008. - Vol. 2. - P. 1-7.
Scott A. P. Harmonic Vibrational Frequencies: An Evaluation of Hartree-Fock, Møller-Plesset, Quadratic Configuration Interaction, Density Functional Theory, and Semiempirical Scale Factors / A. P. Scott, L. Radom // J. Phys. Chem. – 1996. – Vol. 100, N 41. – P. 16502–16513.
Chemisch – Geowissenschaftlichen facultet Friedrich-Schiller-Universität Jena, Characterization of bacteria, antibiotics of the fluoroquinolone type and their biological targets DNA and gyrase utilizing the unique potential of vibrational spectroscopy, diss. dr. rer. nat., 2012.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2015 Науковий вісник Ужгородського університету. Серія Фізика
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
