Ab initio розрахунки рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливальних спектрів молекули аденіну
DOI:
https://doi.org/10.24144/2415-8038.2014.35.23-29Ключові слова:
Ab Initio, Aденін, Oптимізована геометріяАнотація
Представлено результати ab initio розрахунків рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливних спектрів для молекули аденіну. Для розрахунків використано обмежений за спіном метод Хартрі-Фока (RHF) і теорію функціоналу густини (DFT) з базисним набором 6-31. На основі аналізу результатів розрахунків встановлено, що досліджувана молекула є стабільна в умовах структурної оптимізації. Проведено розрахунки повних та парціальних густин електронних станів для молекули аденіну. Розраховані частоти та інтенсивності спектральних коливальних ліній добре узгоджуються із наявними експериментальними даними.
Посилання
Barbatt M., Lan Z., Crespo-Otero R., Szymczak J.J., Lischka H.W. Thiel W. Critical appraisal of excited-state nonadiabatic dynamics simulations of 9H-adenine // J. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 137.
Шваб Р.Л., Минда І.Ю., Стецович В.В., Стукалов О.М., Суховія М.І., Шафраньош І.І. Експериментальне та квантово-хімічне моделювання процесів утворення позитивних і негативних іонів аденіну електронним ударом // Вісник Черкаського університету. – 2010. – Випуск 175.
Суханов О.С. Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну. Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, дис. кан. хім. наук, 2008.
Niemeyer Ch. M. Nanopartikel, Proteine und Nuckleinsäuren: Die Biotechnologie begegnet den Materialwisenschaften. // Angewandte Chemie. - 2001. - Vol. 22. - P. 4254–4287.
Fazal M.A., Bidhan C.R. Übergangsmetallkomplexe, die mehrere Kupferionen enthalten, binden spezifisch an komplementäre Muster aus Histidinresten auf der Oberfläche von Proteinen // Journal of American Chemical Society. – 2001. - Vol. 10. - P. 6283–6290.
Hartree D.R. The Calculation of Atomic Structures // N. Y.-London: John Wiley, 1957. – 305 p.
Schmidt M.W. General atomic and molecular electronic structure system / M.W. Schmidt, K.K. Baldridge, J.A. Boatz [et al.] // J. Comput. Chem. – 1993. – Vol. 14. – P. 1347 - 1363.
Zhurko G.A. Chemcraft. http://www.chemcraftprog.com.
Zierkiewicz Wiktor, Komorowski Ludwik and Michalska Danuta, Cerny Jiri and Hobza J. The Amino Group in Adenine: MP2 and CCSD(T) Complete Basis Set Limit Calculations of the Planarization
Barrier and DFT/B3LYP Study of the Anharmonic Frequencies of Adenine // Phys. Chem. - 2008. - Vol. 112, №51. - P. 16734-16740.
Keresztury Gábor. The role of vibrational transition moment directions in IR spectroscopic structural research // Magyar Kémiai Folyóirat – Összefoglaló közlemenyek. - 2006. - P. 129-136
Clowney L., Jain S.C., Srinivasan A.R., Westbrook J., Olson W. K., Berman H.M.. Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases // J. Am. Chem. Soc. - 1996. – Vol. 118. - Р. 509–518.
Preuss M. Schmidt G. Seino K. et al. Ground- and excited-state properties of DNA base molecules from plane-wave calculations using ultrasoft psuedopotentials // J. Comput. Chem. – 2004. - Vol. 25. - P. 112.
Nucleic acid database. http://ndbserver.rutgers.edu.
Lehninger A.L. Biochemistry. Worth Publishers, Inc., New York, 1975.
Pauling L. The Nature of the Chemical Bond. Cornell Univ. Press, Ithaca, New York, 1960;
http://wps.prenhall.com/wps/ media/objects/3311/3390919/blb0702.html
Raji Heyrovska Structures of the Molecular Components in DNA and RNA with Bond Lengths Interpreted as Sums of Atomic Covalent Radii // The Open Structural Biology Journal. – 2008. - Vol. 2. - P. 1-7.
PluЁtzer Chr. and Kleinermanns K. Tautomers and electronic states of jet-cooled adenine investigated by double resonance spectroscopy // The Owner Societies. - 2002. - Vol. 4. - P. 4877–4882.
Chemisch - Geowissenschaftlichen facultet Friedrich-Schiller-Universität Jena, Characterization of bacteria, antibiotics of the fluoroquinolone type and their biological targets DNA and gyrase utilizing the unique potential of vibrational spectroscopy, diss. dr. rer. nat., 2012.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2014 Науковий вісник Ужгородського університету. Серія Фізика
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:- Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
- Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).
