Поліморфізм гену гемаглютиніну та його вплив на властивості штамів вірусів грипу А Н1N1 та Н7N9
DOI:
https://doi.org/10.15587/2519-8025.2019.168500Ключові слова:
поліморфізм, гемаглютинін, вірус грипу А, Н1N1, Н7N9, кластерний аналізАнотація
Вірус грипу А є збудником зоонозних та антропонозних захворювань. Значною мірою вірулентні та контагіозні властивості вірусу грипу обумовленні наявністю гемаглютиніну. Мембранний глікопротеїн гемаглютиніни відіграє важливу роль у адгезії та інвазії вірусу грипу у клітину, а також у формуванні до нього імунітету у організму-хазяїна. Гемаглютинін формує пандемічність штаму вірусу грипу. Систематика та характеристика штамів вірусу грипу базується зокрема й на типі гемаглютиніна. Найбільш контагіозними штамами вірусу грипу А є штами Н1N1 та Н7N9. Поліморфізм гемаглютиніну та його вплив на властивості штамів вірусу грипу робить актуальним дослідження його варіабельності.
Метадослідження. Метою дослідження було визначити поліморфізм гена, що кодує гемаглютинін штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9, визначити його вплив на поліморфізм амінокислотних послідовностей гемаглютиніну та властивості штамів біоінформатичними методами дослідження.
Матеріали та методи. Були аналізовані нуклеотидні послідовності гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 та продукти його трансляції за допомогою кластерного аналізу. Властивості гемаглютиніну визначали шляхом визначення його доменів.
Результати та обговорення. За результатом дослідження обраховані поліморфізм та генетичні дистанції між алелями гена, що кодує гемаглютинінивірусу грипута проведено його трансляцію. Досліджено поліморфізм і амінокислотні дистанції між продуктами його трансляції, проведено порівняльний аналіз між досліджуваними нуклеотидними та амінокислотними послідовностями. Показано роль та вплив синонімічних кодонів у нуклеотидних послідовностей алелей гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Визначені домени досліджуваних зразків гемаглютиніну.
Висновки. За результатом досліджень показано відсутність впливу поліморфізму гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Показано відсутність впливу поліморфізму амінокислотних послідовностей гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 надоменовий склад і, таким чином, на властивості штамів
Посилання
- Gamblin, S. J., Skehel, J. J. (2010). Influenza Hemagglutinin and Neuraminidase Membrane Glycoproteins. Journal of Biological Chemistry, 285 (37), 28403–28409. doi: http://doi.org/10.1074/jbc.r110.129809
- Efron, B. (1979). Bootstrap Methods: Another Look at the Jackknife. The Annals of Statistics, 7 (1), 1–26. doi: http://doi.org/10.1214/aos/1176344552
- Sauer, A.-K., Liang, C.-H., Stech, J., Peeters, B., Quéré, P., Schwegmann-Wessels, C. et. al. (2014). Characterization of the Sialic Acid Binding Activity of Influenza A Viruses Using Soluble Variants of the H7 and H9 Hemagglutinins. PLoS ONE, 9 (2), e89529. doi: http://doi.org/10.1371/journal.pone.0089529
- Smith, T. F., Waterman, M. S. (1981). Identification of common molecular subsequences. Journal of Molecular Biology, 147 (1), 195–197. doi: http://doi.org/10.1016/0022-2836(81)90087-5
- Brockwell-Staats, C., Webster, R. G., Webby, R. J. (2009). Diversity of influenza viruses in swine and the emergence of a novel human pandemic influenza A (H1N1). Influenza and Other Respiratory Viruses, 3 (5), 207–213. doi: http://doi.org/10.1111/j.1750-2659.2009.00096.x
- Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S. (2011). MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution, 28 (10), 2731–2739. doi: http://doi.org/10.1093/molbev/msr121
- Taubenberger, J. K., Kash, J. C. (2010). Influenza Virus Evolution, Host Adaptation, and Pandemic Formation. Cell Host & Microbe, 7 (6), 440–451. doi: http://doi.org/10.1016/j.chom.2010.05.009
- Webster, R. G., Bean, W. J., Gorman, O. T., Chambers, T. M., Kawaoka, Y. (1992). Evolution and ecology of influenza A viruses. Microbiological Reviews, 56 (1), 152–179.
- Wilks, S., de Graaf, M., Smith, D. J., Burke, D. F. (2012). A review of influenza haemagglutinin receptor binding as it relates to pandemic properties. Vaccine, 30 (29), 4369–4376. doi: http://doi.org/10.1016/j.vaccine.2012.02.076
- Kumar, S., Tamura, K., Nei, M. (2004). MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics, 5 (2), 150–163. doi: http://doi.org/10.1093/bib/5.2.150
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2019 Semen Buriachenko, Borys Stegniy
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Наше видання використовує положення про авторські права Creative Commons CC BY для журналів відкритого доступу.
Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:
1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons CC BY, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
