Аналіз частот 21 аутосомного мiкросателiтного локусу у популяціях міст Києва, Одеси, Харкова, Дніпра та Західної України

Автор(и)

  • Maryna Savelieva Навчально-науковий центр "Інститут біології та медицини" Київський національний університет імені Тараса Шевченка вул. Володимирська, 60, м. Київ, Україна 01033 Медико-генетичний центр "Мама Папа" вул. Тарасівська, 2, м. Київ, Україна 01033, Україна https://orcid.org/0000-0001-6802-6002
  • Stanislav Rushkovsky Навчально-науковий центр "Інститут біології та медицини" Київський національний університет імені Тараса Шевченка вул. Володимирська, 60, Україна, м. Київ, 01033, Україна https://orcid.org/0000-0002-4497-3782

DOI:

https://doi.org/10.15587/2519-8025.2019.182148

Ключові слова:

аутосомні STR-локуси, мікросателліти, генетичне різноманіття, ДНК-ідентифікація особи, частоти алелів

Анотація

Аутосомні STR-локуси на даний час є найбільш використовуваним інструментом в криміналістиці. Частоти алелів STR-локусів використовуються для розрахунку ймовірності випадкового збігу профілів при ідентифікації осіб та ймовірності спорідненості.

Метою роботи було дослідити поліморфізм 21 криміналістічно значущого STR-локусу у популяціях міст Києва, Одеси, Харкова, Дніпра та Західної України.

Матеріали і методи. Референтна вибірка склала 1200 неспоріднених осіб змішаної популяції України. Геномну ДНК виділяли з клітин букального епітелію з використанням іонообмінної смоли ChelexR100. Виділену ДНК типували за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції за 21 аутосомним локусом, що входять до складу набору GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit. ПЛР-продукти було фракціоновано електрофоретично з використанням SeqStudio™ Genetic Analyzer System (Applied Biosystems, США). Розмір алелів було проаналізовано за допомогою програмного забезпечення GeneMapper 6. Статистичну обробку даних проводили за стандартними методами.

Результати. Наведено популяційно-генетичні дані за 21 STR локуcом, що входять в систему GlobalFiler™ Express (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, vWA, TPOX, D18S51, D5S818, FGA, D2S441, D19S433, D22S1045, SE33, D10S1248, D1S1656, D2S1338, D12S391). Були розраховані очікувана та спостережувана гетерозиготність, ймовірність випадкового збігу, дискриминуючий потенціал, потенціал виключення, індекс поліморфізму. Була визначена відповідність спостережуваного розподілу генотипів рівновазі Харді-Вайнберга. Було проведено порівняння частот алелів між популяціями.

Висновки. Показана висока інформативність дослідженої індивідуалізуючої системи з 21 аутосомного STR-локуса. Був вперше проаналізований локус SE33. Зафіксовані відмінності за частотами алелів STR-локусів між популяціями

Біографії авторів

Maryna Savelieva, Навчально-науковий центр "Інститут біології та медицини" Київський національний університет імені Тараса Шевченка вул. Володимирська, 60, м. Київ, Україна 01033 Медико-генетичний центр "Мама Папа" вул. Тарасівська, 2, м. Київ, Україна 01033

Кафедра загальної та медичної генетики

Stanislav Rushkovsky, Навчально-науковий центр "Інститут біології та медицини" Київський національний університет імені Тараса Шевченка вул. Володимирська, 60, Україна, м. Київ, 01033

Кандидат біологічних наук, доцент

Кафедра загальної та медичної генетики

Посилання

  1. Steffen, C. R., Coble, M. D., Gettings, K. B., Vallone, P. M. (2017). Corrigendum to “U.S. Population Data for 29 Autosomal STR Loci” [Forensic Sci. Int. Genet. 7 (2013) e82–e83]. Forensic Science International: Genetics, 31, e36–e40. doi: http://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.08.011
  2. Soltyszewski, I., Spolnicka, M., Kartasinska, E., Konarzewska, M., Pepinski, W., Janica, J. (2006). Genetic variation of STR loci D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, vWA, D8S1179, TPOX and FGA by GenePrint PowerPlex 16 in a Polish population. Forensic Science International, 159 (2-3), 241–243. doi: http://doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.05.014
  3. Semikhodskii, A., Kozub, N. A., Sozinov, I. A. (2012). Genetic data on 15 STR loci in the Caucasian population of the Russian Federation. Cytology and Genetics, 46 (6), 373–378. doi: http://doi.org/10.3103/s0095452712060102
  4. Zhivotovsky, L. A., Veremeichyk, V. M., Kuzub, N. N., Atramentova, L. A., Udina, I. G., Kartel, N. A., Tsybovsky, I. S. (2009). A reference data base on STR allele frequencies in the Belarus population developed from paternity cases. Forensic Science International: Genetics, 3 (3), e107–e109. doi: http://doi.org/10.1016/j.fsigen.2008.10.003
  5. Konjhodžić, R., Kubat, M., Škavić, J. (2004). Bosnian population data for the 15 STR loci in the Power Plex 16 kit. International Journal of Legal Medicine, 118 (2), 119–121. doi: http://doi.org/10.1007/s00414-004-0431-x
  6. Projić, P., Skaro, V., Samija, I., Pojskić, N., Durmić-Pasić, A., Kovacević, L. et. al. (2007). Allele frequencies for 15 short tandem repeat loci in representative sample of Croatian population. Croatian Medical Journal, 48, 473–477. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17696301
  7. Yavorskyi, B. I., Kryvda, R. H. (2013). Doslidzhennia alelnoho polimorfizmu 15 autosomnykh mikrosatelitnykh lokusiv, shcho vkhodiat do skladu multipleksnoi indyvidualizuiuchoi paneli «Ampflstr®Identifiler» («Applied Biosystems», SShA), u zmishanykh populiatsiiakh meshkantsiv deiakykh rehioniv Ukrainy. Bukovynskyi medychnyi visnyk, 17 (3 (67 (1))), 188–192. Available at: http://nbuv.gov.ua/UJRN/bumv_2013_17_3%281%29__82
  8. Serga, S. V., Dombrovskyi, I. V., Maistrenko, O. M., Ostapchenko, L. I., Demydov, S. V., Krivda, R. G., Kozeretska, I. A. (2017). Allele frequencies for 15 STR loci in the Ukrainian population. Forensic Science International: Genetics, 29, e40–e41. doi: http://doi.org/10.1016/j.fsigen.2017.05.004
  9. Kozeretska, O. I., Maistrenko, O. M., Serga, S. V., Dombrovskyi, I. V., Ostapchenko, L. I., Demydov, S. V., Kozeretska, I. A. (2019). Allele frequencies for 15 forensic STR loci in a population sample from the Kyiv region, Ukraine. Australian Journal of Forensic Sciences, 1–6. doi: http://doi.org/10.1080/00450618.2019.1581255
  10. Yavorskyi, B. I., Kryvda, R. H., Ivashyna, O. Kh., Voichenko, V. V. (2011). Rezultaty populiatsiinykh doslidzhen 15 autosomnykh mikrosatelitnykh lokusiv henomnoi DNK u zmishanii populiatsii meshkantsiv Ukrainy. Ukrainskyi morfolohichnyi almanakh, 9 (2), 124–131. Available at: http://nbuv.gov.ua/UJRN/Umora_2011_9_2_34
  11. Walsh, P. S., Metzger, D. A. (1991). Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechniques, 10, 506–513. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1867860
  12. Frequently Asked Questions on CODIS and NDIS (2017). Available at: https://www.fbi.gov/services/laboratory/biometric-analysis/codis/codis-and-ndis-fact-sheet
  13. GlobalFiler™ Express PCR Amplification Kit User Guide (2016). Available At: https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/4477672_GlobalFilerExpress_UG.pdf
  14. Nei, M. (1978). Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 89, 583–590. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17248844
  15. Huston, K. A. (1998). Statistical Analysis of STR Data. GenePrint™.1998. Available at: https://promega.media/-/media/files/resources/profiles-in-dna/103/statistical-analysis-of-str-data.pdf.
  16. Evett, I. W., Weir, B. S. (1998). Interpreting DNA Evidence: Statistica Genetics for Forensic Scientists. Massachusetts: Sinaur Associates Inc. Sunderland, 278.
  17. Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American journal of human genetics, 32, 314–331. Available at: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1686077/
  18. Kalinowski, S. T. (2006). hw-quickcheck: an easy-to-use computer program for checking genotypes for agreement with Hardy-Weinberg expectations. Molecular Ecology Notes, 6 (4), 974–979. doi: http://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2006.01456.x
  19. Greenwood, P. E., Nikulin, M. S. (1996). A guide to chi-squared testing. New York: Wiley, 304. Available at: https://www.wiley.com/en-us/A+Guide+to+Chi+Squared+Testing-p-9780471557791

##submission.downloads##

Опубліковано

2019-12-26

Як цитувати

Savelieva, M., & Rushkovsky, S. (2019). Аналіз частот 21 аутосомного мiкросателiтного локусу у популяціях міст Києва, Одеси, Харкова, Дніпра та Західної України. ScienceRise: Biological Science, (4 (19), 22–34. https://doi.org/10.15587/2519-8025.2019.182148

Номер

№ 4 (19) (2019)

Розділ

Біологічні науки

Ліцензія

Авторське право (c) 2019 Марина Володимирівна Савельєва, Станіслав Ричардович Рушковський

Creative Commons License

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Наше видання використовує положення про авторські права Creative Commons CC BY для журналів відкритого доступу. 

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons CC BY, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.

2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.