Віртуальний скринінг властивостей серії 5- ариліденпохідних 3-(бензо[d]тіазол-2-іламіно)-2-тіоксотіазолідин-4-ону
DOI:
https://doi.org/10.5281/zenodo.15011532Ключові слова:
роданін, бензотіазоли, 5-ариліденпохідні, in silico скринінг, SwissADMEАнотація
Вступ. Важливість іn silico аналізу була визнана через високу достовірність прогнозованих результатів. Віртуальний скринінг базується на залежності властивостей молекули від її структури. Деякі Інтернет-ресурси дають змогу спрогнозувати поведінку сполуки в організмі людини завдяки розрахунку важливих дескрипторів. Використання комп’ютерних програм для розрахунку фізико-хімічних показників молекул, передбачення їх фармакокінетичних властивостей, визначення «лікоподібності» (drug-like properties) доцільне на початкових етапах створення ліків, адже не потребує значних часових і фінансових витрат. У молекулярному дизайні ліків інтерес науковців викликають неконденсовані бі- та поліциклічні гетероцикли, серед яких похідні роданіну з бензотіазольним фрагментом, що володіють значним потенціалом біологічної дії. Для пошуку сполук з оптимальним ADME (А – аbsorbtion, D – distribution, M – metabolism, E – elimination) профілем ми обрали 5- арилідензаміщені похідні. Мета дослідження – віртуальний скринінг та оцінка ADME властивостей різнозаміщених 5-ариліденпохідних 3- (бензо[d]триазол-2-іламіно)-2-тіоксотіазолідин-4-ону з використанням вільно доступної комп’ютерної програми SwissADME. Матеріали та методи. Матеріали дослідження – раніше синтезовані (сполуки 1–6) із попередньо підтвердженою in vitro протипухлинною активністю та віртуально змодельовані (сполуки 7–21) похідні на основі 3- (бензо[d]триазол-2-іламіно)-2-тіоксотіазолідин-4-ону. Метод дослідження – швейцарський веб-інструмент SwissADME, що знаходиться у вільному доступі на Інтернет-платформі http://www.swissadme.ch/. Результати й обговорення. Проведено віртуальний дизайн серії похідних та їх скринінг. Комплексні in silico дослідження дали змогу здійснити оцінку потенціалу серії близьких за структурою сполук. Встановлено низку фізико-хімічних та фармакокінетичних параметрів молекул, їх біо- (BS) та синтетичну (SA) доступність. Згідно SwissADME-прогнозування, більшість показників є прийнятними, що робить 5-ариліденпохідні цікавими об’єктами дослідження. Подібність молекул до існуючих ліків підтверджується безперешкодним проходженням фільтру Lipinski. Про достатню біо- та синтетичну доступність похідних ряду свідчать розраховані критерії (BS = 0,55; SA = 3,75–4,81). Найменше порушень оптимальних значень молекулярних дескрипторів передбачається для сполук 1 і 7, а найбільше – для сполук 3, 6, 18. Пероральну біодоступність молекул обмежують виявлені порушення двох або більше параметрів, серед яких насиченість, полярність, ліпофільність, розчинність у воді, розмір та гнучкість. Найбільш подібною до сполук із високою пероральною доступністю є сполука 7. Не передбачається проникнення досліджуваних молекул у мозок, прогнозується невисока проникність крізь шкіру (Log Kp від -3,53 до - 6,10 см/с). Більшість похідних ряду, за винятком сполук 19 і 21, вірогідно, не є субстратами P-глікопротеїну, що може сприяти підвищенню їх терапевтичної ефективності, а також вибірково інгібують ізоформи цитохрому Р- 450. Висновки. Порушення деяких показників 5-арилідензаміщених похідних досліджуваного ряду не є критичними, згідно з сучасними критеріями створення ліків. Загалом прогнозований ADME профіль сполук є достатньо прийнятним. Структури молекул можуть бути оптимізовані або необхідно досліджувати інші шляхи введення. Результати in silico прогнозування підтверджують перспективність подальших досліджень серед зазначеного класу гетероциклів цінних для медичної хімії сполук.
Посилання
Pathania S, Narang RK, Rawal RK. Role of sulphur-heterocycles in medicinal chemistry: An update. European Journal of Medicinal Chemistry. 2019;180:486–508. DOI: 10.1016/j.ejmech.2019.07.043.
Klenina OV, Chaban TI. Use of chemoinformatics and bioinformatics databases in the processes of computer-aided drug design (review). Farmatsevtychnyi Zhurnal. 2023;78(6):61–82. DOI: 10.32352/0367-3057.6.23.05. Ukrainian.
Chen Y, Kirchmair J. Cheminformatics in Natural Product-based Drug Discovery. Molecular Informatics. 2020;39(12):e2000171. DOI: 10.1002/minf.202000171.
Shaker B, Ahmad S, Lee J, Jung C, Na D. In silico methods and tools for drug discovery. Computers in Biology and Medicine. 2021;137:104851. DOI: 10.1016/j.compbiomed.2021.104851.
Sahiba N, Sethiya A, Soni J, Agarwal DK, Agarwal S. Saturated Five-Membered Thiazolidines and Their Derivatives: From Synthesis to Biological Applications. Topics in Current Chemistry. 2020;378:34. DOI: 10.1007/s41061-020-0298-4.
Shepeta YL, Lelyukh MI, Zimenkovsky BS, Nektegayev IO, Lesyk RB. Synthesis and anti-inflammatory activity evaluation of rhodanine derivatives with 2-(2,6-dichlorophenylamino)-phenylacetamide fragment in molecules. Pharmaceutical Review. 2018;1:6–15. DOI: 10.11603/2312-0967.2018.1.8601. Ukrainian.
Aqlan FM, Al-Bogami AS, Alqahtani NF, Wani MY, Khan SA. Thiazolidinone: A structural motif of great synthetic and biological importance. Journal of Molecular Structure, 2022;1250(2):131771. DOI: 10.1016/j.molstruc.2021.131771.
Chaurasyia A, Chawla P, Monga V, Singh G. Rhodanine derivatives: An insight into the synthetic and medicinal perspectives as antimicrobial and antiviral agents. Chemical Biology & Drug Design. 2023;101(3):500–549. DOI: 10.1111/cbdd.14163.
Mosula L, Zimenkovsky B, Havrylyuk D, Missir A-V, Chirita IC, Lesyk R. Synthesis and antitumor activity of novel 2-thioxo-4-thiazolidinones with benzothiazole moieties. Farmacia. 2009;57(3):321–330. URL: https://farmaciajournal.com/arhiva/20093/issue32009art08.pdf.
Havrylyuk D, Mosula L, Zimenkovsky B, Vasylenko O, Gzella A, Lesyk R. Synthesis and anticancer activity evaluation of 4-thiazolidinones containing benzothiazole moiety. European Journal of Medicinal Chemistry. 2010;45(11):5012–5021. DOI: 10.1016/j. ejmech.2010.08.008.
Sumit, Kumar A, Mishra AK. Advancement in Pharmacological Activities of Benzothiazole and its Derivatives: An Up to Date Review. Mini-Reviews in Medicinal Chemistry. 2021;21(3):314–335. DOI: 10.2174/1389557520666200820133252.
Lozynskyi AV, Konechnyi YT, Roman OM, Horishny VY, Sabadakh OP, Pasichnyk SM, Konechna RT, Shupeniuk VI, Taras TM, Lesyk RB. New polyfunctionalized 2-hydrazinoanthraquinone derivatives as potential antimicrobial agents. Biopolymers and Cell. 2023;39(1):42–53. DOI: 10.7124/bc.000A84.
SwissADME. Available from: http://www.swissadme.ch/.
Daina A, Michielin O, Zoete V. SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules. Scientific Reports. 2017;7:42717. DOI: 10.1038/srep42717.
Lesyk R. Drug design: 4-thiazolidinones applications. Part 1. Synthetic routes to the drug-like molecules. Journal of Medical Science. 2020;89(1):33–49. DOI: 10.20883/medical.406.
##submission.downloads##
Опубліковано
Як цитувати
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2025 Анали Мечниковського Інституту

Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution 4.0 International License.