Генетична варіабельність  SARS-COV-2 в межпіковий період

В М’ясоєдов; П Нартов; К Юрко; В Лісовий; В Капустник; А Бондаренко; М Черняк; В Якущенко; В Маслова; O Бондаренко

Автор(и)

В М’ясоєдов Kharkiv National Medical University, Україна
П Нартов Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine., Україна
К Юрко Kharkiv National Medical University, Україна
В Лісовий Kharkiv National Medical University, Україна
В Капустник Kharkiv National Medical University, Україна
А Бондаренко Kharkiv National Medical University, Україна
М Черняк Kharkiv National Medical University, Україна
В Якущенко National Pharmaceutical University, Україна
В Маслова Medical Work of Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine., Україна
O Бондаренко Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine., Україна

Анотація

Мета дослідження – визначення варіантів вірусу SARS-CoV-2 в міжпіковий період (до початку нової хвилі) у хворих м. Харкова та області з підтвердженою інфекцією SARS-CoV-2. Матеріали та методи. Для проведення дослідження були використані мазки (40 назофарингеальних зразків) від пацієнтів з симптомами ГРВІ або підозрою на COVID-19, які були шпиталізовані до КНП ХОР «Обласна клінічна інфекційна лікарня» в червні 2021 року та які були ідентифіковані як позитивні на наявність SARS-CoV-2. Проведено крос-секційне дослідження виявлення варіантів SARS-CoV-2, що циркулювали на території Харківської області в червні 2021 року. За методом систематичної імовірнісної вибірки для дослідження генетичної варіабельності SARS-COV-2 було відібрано 40 хворих на COVID-19. Серед досліджених хворих переважали особи жіночої статі – 25 осіб проти 15, відповідно. Середній вік хворих склав 60,4 років (мінімальний – 25 років, максимальний – 91 рік). Всі хворі були шпиталізовані за наявності дихальної недостатності, але позашпитальна пневмонія була візуалізована інструментально (комп’ютерна томографія, рентгенографія, ультразвукове дослідження) в 38 хворих. III клінічна група була встановлена у 21 хворого, IV клінічна група – 17. Летальність серед дослідженої групи склала 15 %. Результати. При проведенні ПЛР дослідження на варіанти вірусу SARS-CoV-2, що циркулюють в м. Харків та області в міжпіковому періоді (перед початком третьої хвилі) було виявлено переважну циркуляцію варіанту 201/501Y.V1 (альфа). Варіант-альфа був виявлений в 35 хворих (87,5%) з характерною для цього вірусу мутацією N501Y, але в 1-го хворого було детектовано наявність додаткових мутацій. В 5-ох хворих (12,5%) виявлений оригінальний вірус SARS-CoV-2, але в 1-го з них з наявністю мутації N501Y. В усіх мешканців районів області виявлена циркуляція лише варіанту 201/501Y.V1. Циркуляція варіантів SARS-CoV-2 20H/501Y.V2 (бета), 20J/501Y.V3 (гамма), 20C/S.452R (колишній епсилон) не була виявлена в м. Харкові та області, також не була виявлена мутація E484K в жодного хворого. Висновки. Домінуючим варіантом, який циркулював в м. Харкові та області в між піковий період є варіант альфа, який превалює над оригінальним вірусом завдяки збільшеному рівню контагіозності та більш швидкому поширенню.

Ключові слова: COVID-19, SARS-CoV-2, генетична варіабельність.

DOI: 10.5281/zenodo.6350409

Біографії авторів

В М’ясоєдов , Kharkiv National Medical University

Vice-Rector for Research of Kharkiv National Medical University, Professor, Doctor of Medical Science, Honored Worker of Science and Technology of Ukraine.

П Нартов , Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.

Director of Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.

К Юрко, Kharkiv National Medical University

Department of Infectious Diseases of Kharkiv National Medical University, Kharkiv, Ukraine.

В Лісовий , Kharkiv National Medical University

The Head of Academic Council of Kharkiv National Medical University, Corresponding member of the National Academy of Medical Sciences of Ukraine, Doctor of Medical Science, winner of State Prize of Ukraine, Professor, Kharkiv, Ukraine.

В Капустник , Kharkiv National Medical University

rector of Kharkiv National Medical University, Doctor of Medical Science, Professor, Honored Educator of Ukraine, Kharkiv

А Бондаренко, Kharkiv National Medical University

Doctor of Medical Science, Professor of the Department of Infectious Diseases of Kharkiv National Medical University, Kharkiv, Ukraine.

М Черняк , Kharkiv National Medical University

Doctor of Philosophy, Assistant of the Department of Community Health and Health Protection Management of Kharkiv National Medical University, Kharkiv, Ukraine.

В Якущенко , National Pharmaceutical University

Candidate of Pharmaceutical Sciences, Associate Professor of the Department of Foreign Pharmacy and Security of IPC (Institute for the Development of Qualifications of Specialties) of the National Pharmaceutical University, Kharkiv, Ukraine.

В Маслова , Medical Work of Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.

Deputy Chief Physician for Medical Work of Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.

O Бондаренко , Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.

supervisor of clinical and diagnostic laboratory Municipal Nonprofit Enterprise of Kharkiv Regional Council “Regional Clinical Infectious Hospital”, Kharkiv, Ukraine.